Tras una serie de dificultades técnicas, se decidió que la línea ferroviaria pasaría por el centro de Tonnerre. En 1849 se inauguró la línea imperial París-Tonnerre... ¡con Tonnerre como terminal! Esto supuso un gran beneficio para la ciudad. Dos años más tarde, con motivo de la inauguración del tramo Tonnerre-Dijon, Luis Napoleón Bonaparte incluso honró a la ciudad con una visita. Nada más construirse, la estación de Tonnerre fue clasificada como "estación excepcional", la más alta distinción arquitectónica de su género.