In seguito a una serie di vincoli tecnici, si decise che la linea ferroviaria sarebbe passata attraverso il centro di Tonnerre. Nel 1849 fu inaugurata la linea imperiale Parigi-Tonnerre... con Tonnerre come capolinea! Questo fu di grande beneficio per la città. Due anni dopo, in occasione dell'apertura della tratta Tonnerre-Dijon, Luigi Napoleone Bonaparte onorò la città con una visita. Appena costruita, la stazione di Tonnerre fu classificata come "stazione eccezionale", la più alta distinzione architettonica del suo genere.