Le site n’est véritablement exploité qu’au XIIIe siècle lorsque Marguerite de Bourgogne décide d’y construire un hôpital. Auparavant, ce bout de terrain qui descendait en pente douce vers le bief était humide, marécageux et totalement impropre à la construction. Avant toute chose, il faut assécher les lieux et canaliser le ru des Fontenilles qui se déverse dans le bief en de multiples bras. Une fois cette opération achevée, on édifie l’hôtel-Dieu et des bâtiments de service. Le tout est ensuite clos par de hauts murs crénelés afin de lui assurer une protection contre d’éventuels agresseurs.

Il en est ainsi jusqu’au 19e siècle. A cette époque, le Conseil administratif de l’hôpital souhaite construire un nouvel établissement, plus en rapport avec les nouvelles exigences médicales et thérapeutiques. Les premiers projets laissent le futur édifice sur son emplacement historique. Mais le classement de la salle médiévale au titre de monument historique contrarie ce plan et c’est finalement plus à l’est, sur un ancien pré hospitalier, que l’on construit le nouvel hôpital. La place est alors vidée de ses constructions, qui servent évidemment à l’édification du bâtiment, et devient un vaste parc séparé de la rue de l’hôpital par une imposante grille. Cette dernière recule peu à peu durant tout le 20e siècle afin de laisser place à un parking.

En 1992, à l’occasion du VIIe centenaire de la fondation de l’hôtel-Dieu, la place Marguerite de Bourgogne est convertie en jardin médiéval, avec, en son cœur, une fontaine à l’effigie de la Reine de Sicile.

Depuis le Moyen Âge, le quartier Saint Pierre est le centre économique de la ville de Tonnerre. On y trouve des échoppes, des ateliers d’artisanat et la Halle Daret. Plusieurs fois par semaine, les lieux s’animent et deviennent le théâtre d’échanges commerciaux et sociaux. On se déplace de tout le Tonnerrois pour s’y approvisionner.

A la fin du 19e siècle, le site d’emplacement du marché devient de plus en plus problématique et décrié. La Halle Daret, qui est au croisement de trois rues étroites et à forte déclivité, devient difficile d’accès pour des véhicules toujours plus nombreux et encombrants. La salle, elle-même, est trop restreinte et peine à abriter tous les étals de denrées. Certains marchands s’installent au dehors et subissent, avec plus ou moins de patience, les caprices de la météo.

Les Tonnerrois s’élèvent de plus en plus contre cette situation et demandent la construction d’un nouveau marché, spacieux et couvert. Mais le tissu urbain du centre ville est dense, et il n’y existe pas d’emplacements libres qui puissent accueillir ce nouveau projet. Pendant 20 ans, le dossier est laissé en suspend.

En 1898, la ville d’Orléans rend publique sa volonté de vendre la structure métallique d’un de ses marchés de quartier. Elle retire finalement son offre quelques semaines plus tard, et force Tonnerre, qui s’était portée acquéreuse, à réétudier son projet de marché couvert. Après bien des péripéties, le site d’implantation choisi pour ce nouveau projet est la halle au grains, juste en contrebas de la mairie. Le marché couvert, flambant neuf, est inauguré en mars 1904 en présence du Ministre de l’Agriculture.

La Halle Daret, ainsi désertée, est louée à divers particulier qui convertissent les lieux en appartements. Il en est ainsi jusqu’aux années 2000 où le bâtiment tombe en vétusté. Il est détruit au seuil du XXIe siècle et converti en place. En dessous, se trouve toujours la crypte Sainte-Catherine.