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Construite aux alentours du XIe siècle, l’église Saint-Pierre est presqu’entièrement brûlée par l’incendie ravageur de 1556. Les travaux de restauration tardent, et s’étalent de la fin du XVIe siècle à la mi-XVIIe siècle. Ce qui explique son visage si particulier mêlant Renaissance italienne et style classique.
La ville de Tonnerre originelle, construite sur le plateau des Vieux-Châteaux, possédaient deux églises : Saint-Aignan et Saint-Pierre, sa succursale. Cette dernière, située sur un promontoire rocheux, était légèrement en contre-bas du bourg principal et faisait le lien avec la ville basse construite autour de l’église Notre-Dame et de l’hôpital. Dans le courant du XIIe siècle, ces deux églises sont données par le comte de Tonnerre à St Robert, abbé de Molesme et futur fondateur de l’ordre de Cîteaux.
La destruction de la ville haute et de Saint-Aignan (1414) par les troupes du duc de Bourgogne, donne une importance toute nouvelle à l’église Saint-Pierre qui, bien qu’incendiée, se relève de ces cendres et acquiert, par la disparition du bourg principal, un ascendant cultuel unique sur le quartier du Perron.
Mais en 1556, l’église est à nouveau brûlée lors du mémorable incendie qui  consuma la ville. Il faut attendre la fin du XVIe siècle pour que des travaux de reconstruction soient entrepris. Le feu avait eu raison de la charpente et du mobilier mais les murs gouttereaux, le pignon ouest et le chœur surtout étaient restés debout. L’église conserve donc son essence médiévale. On profite alors de ces travaux pour l’agrandir.
Ces opérations traînent en longueur, à la fois par manque de générosité des paroissiens, ainsi que s’en désole le conseil de la fabrique dans les années 1620, mais aussi car le contexte politique (guerres de religion) est tel que l’on accorde la priorité à la construction ou la consolidation des ouvrages défensifs. Pour preuve, la grande tour carrée qui abrite à son sommet un poste de garde, est achevée dès 1592.
On estime cependant que les travaux de restauration sont terminés dans le dernier quart du XVIIe siècle donnant, au final, un visage bien particulier à cet édifice. Si sa structure comme son chœur sont médiévaux, une partie du mobilier et des chapelles latérales sont Renaissance, alors que la façade et les portails sud sont typiquement classiques.
Pour les célébrations, un orgue est installé dès 1610 à proximité du chœur mais cette installation est inesthétique et déséquilibre l’harmonie visuelle de la nef. On décide de le déplacer en 1846 contre l’immense mur occidental. En perçant deux trous destinés à fixer l’ossature du buffet, on redécouvre le portail originel de l’église, datant du XIIe siècle. Il avait été très certainement comblé dans le courant des XIIIe ou XIVe siècles, lorsque que le promontoire de l’église avait été fortifié. Le mur occidental de l’édifice avait alors été intégré dans les fortifications du Belfort. L’orgue dont il s’agit, commandé en 1610 et dont le buffet ouvragé, portant les armes de la famille des comtes de Tonnerre Clermont-Tonnerre, est réalisé aux alentours de 1670, est un des derniers spécimens encore existant en France.
Source : Tonnerre Patrimoine